La fin du 19ème siècle à la maison Gaudard : l’enseignement de la géologie et de la botanique rejoignent avec leurs collections le bâtiment acheté par l’Etat de Vaud en 1874.
La maison Gaudard, située directement au sud de la cathédrale (fig. 1), a été achetée par l’Etat de Vaud en 1874 pour y loger le Département de l’Instruction publique et des cultes (DIPC), les collections de géologie et de botanique ainsi qu’un auditoire pour l’enseignement de ces deux branches (figs. 2 et 3). Les expositions du musée de géologie, achevées vers 1880 se trouvaient au 1er et au 2ème étage, côté Est (fig. 4), le long de la rue de la Cathédrale, alors que l’auditoire, les expositions de botanique et les bureaux du DIPC se trouvaient sur l’aile ouest, le long de la rue Saint-Etienne (figures. 1, 2, 3 et 7).
Renevier,(1894), décrit la disposition des expositions (figure 5) :
« I. Salle de géologie générale, (au 1er étage, en entrant).
1° Collection stratigraphique générale. Cette collection est contenue dans trois vitrines plates, dont deux surmontent des bahuts à tiroirs. Mon Tableau des terrains sédimentaires se déroule entre les deux fenêtres.
2° Collection pétrogénique. Cette collection de plus de 1500 échantillons est reléguée dans des meubles fermés, où elle occupe une quarantaine de tiroirs.
3° Fossiles crétaciques du pays : dans ces vitrines ne se trouvent que les exemplaires les plus remarquables, bien déterminés et montés.
4° Collection géotechnique en partie exposée dans une vitrine plate sous les grandes fenêtres et le surplus dans les tiroirs en dessous. Les grosses pièces sont installées sur les armoires vis-à-vis et ailleurs.
5° Collection morphologique dont quelques pièces remarquables sont exposées dans une petite vitrine spéciale, et le reste conservé dans des tiroirs.
- Salle de géologie régionale (seconde salle du 1er étage).
1° Collections des Alpes occidentales exposés dans une petite vitrine d’applique contre la paroi sud et 72 tiroirs des meubles fermés. Les grandes pièces de ces diverses séries sont placées au-dessus des armoires. La série du Nummulitique des Diablerets, etc située sous les grandes fenêtres, dans une vitrine plate.
2° Collections du Jura méridional est exposé dans la vitrine du bahut à gauche en entrant.
Les pièces de grande dimension sont situées au-dessus des armoires latérales.
3° Collection de la Région mollassique. Exposition, dans les vitrines du centre de la salle. Feuilles de palmiers et autres pièces de grande dimension sont installées en dehors, de chaque côté de l’entrée. Dans les tiroirs des bahuts sous les vitrines se trouvent les séries locales.
4° Formations modernes du pays, consistant surtout en ossements fossiles des palafites, tourbières, cavernes, graviers, etc., ainsi qu’en polis glaciaires, tufs, etc., exposés dans une vitrine spéciale à l’angle SE de la salle. »
« III. Salle de paléontologie (au second étage, en entrant, figure 6).
1° Les Mammifères fossiles sont groupés au centre de la salle dans une cage principale, et deux cages supplémentaires (vitrines).
2″ Les Oiseaux, Reptiles et Poissons occupent principalement les vitrines appliquées contre la paroi nord de la salle.
3″ A droite et à gauche de l’entrée, deux vitrines appliquées à la paroi renferment les Céphalopodes et les Pélécypodes.
4° Les Gastropodes et les Brachiopodes ont été aussi retravaillés récemment, et installés dans deux vitrines plates, de chaque côté de la cage centrale.
6″ Les Coelentérés et les Protozoaires, occupent une vitrine droite, contre la paroi sud de la salle de Paléontologie.
7° Enfin les Plantes fossiles occupent, entre les Coelentérés et la fenêtre, une vitrine qui renferme plusieurs pièces intéressantes.
- Salle de Minéralogie (seconde salle).
1″ Collection générale de Minéralogie, exposée dans 12 vitrines droites, tout autour de la salle. Tout à côté la Carte géologique de Russie.
2° Minéraux du pays, classés par régions naturelles, dans une vitrine spéciale près des fenêtres.
3″ Minéraux et Roches de l’Oural exposés dans les vitrines de la collection générale; le reste est renfermé dans un meuble de 24 tiroirs, à droite de l’entrée. »
Dans les années 1880, les réserves des collections de géologie, en forte augmentation, sont stockées dans les combles du bâtiment Gaudard. En 1888, le DIPC demande la libération de deux locaux mansardés pour y loger le préparateur de botanique. En 1889, le DIPC met à disposition du musée de géologie des nouveaux locaux, dont un dans les combles, et deux dans le rez de chaussée (étage inférieur). Les cabinets de travail du préparateur et du conservateur sont déplacés à l’étage inférieur. En 1991, un aide préparateur est venu en aide au préparateur, le Dr Bertschinger. En 1893, celui-ci, malade, démissionne et décède quelques mois plus tard. Il est remplacé par Henri Lador qui prendra ses quartiers dans les salles de préparations de l’étage inférieur.
En 1895, le musée de botanique et ses collections déménagent dans le bâtiment du département de l’Agriculture à la Cité ; l’institut et musée de géologie peuvent alors s’étendre en occupant les locaux libérés. La réorganisation dure près de trois ans, avec, en 1987 une nouvelle salle de paléontologie puis une salle avec des collections de minéralogie et de paléontologie. A l’étage inférieur, après réorganisation des dépôts et des réserves, un laboratoire est aménagé qui sert également de cabinet de travail pour le Dr M. Lugeon et quatre tables de travail pour les chercheurs et doctorants (fig. 9).